本系碩士班主要專業課程有兩大領域：海洋事務及邊境事務。海洋事務包含海洋事務總論、海洋政策分析、海洋法專題、海商法專題、海事行政法、海洋巡護專題，以及海運與港埠經營管理專題等內容。邊境事務包含邊境事務總論、國際貿易(法)專題、跨國犯罪專題、海洋事務與兩岸關係，以及國際關係專題等課程。此外也包含方法論與研究方法、海洋學、國際公法專題、國際私法專題、環境與資源保育法規與實務，以及國際海洋資源管理法專題等研究或基礎課程。詳細課程請見本系各學年度課程規畫表。
本系學士班主要專業課程有四大領域：海洋巡護、入出境與移民管理、關稅法務、海洋行政。海洋巡護包含海巡法規、海巡勤務、海洋巡護與海上執法、海洋法，以及犯罪偵查實務等內容。入出境與移民管理包含入出國管理法規、移民政策及移民人權、移民法規、全球人口移動，以及跨國犯罪等課程。關稅法務則包含關稅法規與實務、通關實務、國際貿易等內容。海洋行政包含海洋學、海洋政策、海洋與海岸管理，以及海洋事務總論等內容。當然也包含一些基礎法學、管理學、犯罪學等課程，以及學校規定之共同必修或通識課程。詳細課程請見本系各學年度課程規畫表。