金門地理位置特殊,與台灣本島相隔二二七公里的台灣海峽,但與大陸廈門島的距離只有八公里,位於福建省東南方的廈門海灣內,如啞鈴狀,具「固若金湯,雄鎮海門」形勢,自古為重要要寨。金門四面環海,屬於典型大陸性島嶼氣候,地質及物種和文化風俗特徵與大陸華南相似,屬小型島嶼的生態體系,有相當豐富的海洋資源。自冷戰在東亞蔓延,被捲進世界冷戰,金門成為冷戰邊界,作為意識型態的邊界與海域疆界的金門被拉進更複雜的國際政治經濟體系,直到解嚴和開放小三通政策,全球化的驅力讓金門成為世界觀光景點,有豐富的閩南文化、僑鄉文化、戰地文化與海洋文化。
為了因應金門位置的蛻變以及全球政經生態的變遷,回應海洋事務之研究、教學、實習、推廣等需求,加強對海洋議題研究、活動辦理及善盡大學社會責任之規劃,於108年2月20日國立金門大學研究中心評議委員會修正通過成立「海事研究中心」。