成立宗旨
金門位居閩海，於明太祖洪武年間為防倭寇而在島上置守禦千戶所，築城於此，因其形式「固若金湯，雄鎮海門」因而名之曰「金門城」。金門雖文風鼎盛但由於其特殊的地理位置及海峽兩岸敵對情勢之關係，一直塑造著戰地及反共前哨角色的印象。
但近年來隨著兩岸關係的演變，民間交流日益擴大，「小三通」政策的實施，金門遂成為兩岸人員貨物往來的首開門戶，因此海關的查驗報關、移民署在人員通關及海巡署針對人員與物品的安全檢查業務也更顯重要。
在此背景下，本系於民國101年8月成立，專事海洋法政與管理、海上巡護與執法、入出境管理、關稅法務等領域之教學研究，為海洋與邊境管理之學術單位。教學目標為培養學生具備上述相關領域之專業知識，一方面期待學生能在海關、移民及海巡等領域，為國家奉獻一己之力，或於報關、船務、移民、法律事務所等民間企業發揮所長，另一方面期能提昇海洋與邊境管理之學術研究能力。
教育目標與核心能力
本系的教學方向為海洋與邊境管理事務，課程主軸包含海洋行政、海巡、移民及海關四大領域。基於前述的教學方向與課程主軸，本系所建立的教育目標與學生核心能力如下:
【碩士班】
教育目標：
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促進海洋與邊境事務專業知能，提昇應用專業知能瞭解現象與問題解決的能力，進而活化應用並解決問題。
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強化社會責任意識及終身學習態度，增強生涯規劃與自我發展的能力。
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提昇研究能量，促進海洋與邊境事務管理能力。
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強化學校既定之國際化政策，提昇學生國際視野，強化學生傾聽、統整與溝通合作的能力，開拓多元文化與國際視野。
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增強正向與創新的能力，促進人類社會的尊重與合作。
在上述教育目標指引下，本系碩士班核心能力如下：
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強化海洋與邊境事務知能。
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提升海洋與邊境事務研究能力。
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增進海洋與邊境事務問題解決能力。
【學士班】
教育目標：
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奠定海洋與邊境事務專業知能，培養學生應用專業知能瞭解現象與問題解決的能力，進而活化應用並解決問題。
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培養社會責任意識及養成終身學習態度，提昇學生生涯規劃與自我發展的能力。
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培育公民關懷與倫理思考的能力，充實企業實務以提升學生職場競爭力，並增強社民實踐的涵養。
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配合學校既定之國際化政策，開拓學生國際視野，培養學生傾聽、統整與溝通合作的能力，拓展多元文化與國際視野。
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培養正向與創新的能力，促進人類社會的尊重與合作。
上述教育目標指引下：本系學士班核心能力如下：
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具備公民素養與國際宏觀視野。
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具備海洋與邊境事務及企業實務專業知識。
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具備從事相關專業及實務工作能力/應用專業知能瞭解現象與問題解決的基本能力。
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獨立思考與終身學習。
