本中心自成立以來，研究領域與方向持續拓展。未來我們期待能立足金門、深耕台灣、接軌全球，並朝以下四大方向邁進：
促進海洋研究能量的提升
培訓海洋相關專業人力
發展海洋科學與有系統的連結海洋科技
評估與規劃海洋法規、政策
